三相卧螺工艺同样采用了面粉作为原料。尽量采用高出粉率、高面筋含量、低灰分、低破损率的接近于特制二等粉的面粉。

原料面粉定量后进入混合器中与水混合形成面糊，面粉与水的比例大约为1:(0.85-0.95)。混合器使面粉颗粒充分水化，形成均匀的面糊，不能存在混合不均匀的大颗粒和不均匀的小面团，以便于后续均质工序的进行。

混合之后是均质。面糊打入匀质机中，均质机的压力可通过改变均质阀的间隙进行调整，压力可高达100bar(1bar=105ba)。面糊通过均质阀时高压迅速恢复常压，由于压力的骤然变化，以及匀质阀的剪切作用，使面糊熟化并实现蛋白质网络的迅速凝聚。

均质熟化后的面糊通过偏心螺杆泵送入三相卧螺离心机进行成分分离。进料前可添加一定量的新鲜水和工艺水稀释，加水量为每吨面粉0.3–0.9吨，低于马丁法。固体作为底流由螺旋推进器排出；溢流通过内置向心泵强制排出，兼具消泡与省泵效果。

将面筋与水按比例投入连续柔和机混合搅拌，物料在轴向挤压力和径向力作用下充分揉和，使蛋白质与水均匀水合，形成牙膏状面浆。随后送入熟化罐加水稀释并搅拌，使部分淀粉游离，面筋蛋白聚集成丝。熟化后的面浆经卧式螺旋沉降离心机（分离因数3000–4000）分离：密度大的淀粉作为浓相由底流排出，密度小的面筋作为轻相由溢流排出。溢流面筋经圆筛冲洗去除淀粉，得到湿面筋，再经干燥后即得谷朊粉。

由三相卧螺离心机分离出的底流通常加工艺水稀释后，送往离心筛处理，除去残余的纤维。然后进入多级旋流器洗涤，通常会采用12级淀粉洗涤旋流器。在底流中还含有一些小的B-淀粉、戊聚糖和细纤维，为了能更好的将其分离。

三相卧螺离心机所得的底流和溢流分别有筛子处理一下，以回收更多的可以形成团块的面筋。回收的面筋再回工艺中与中相一起处理，得到的湿面筋进一步脱水、干燥制成谷朊粉。

溢流中的戊聚糖可以液体状态直接作为饲料，也可以加酶反应后分离出固体部分；液体部分与工艺废水一起浓缩处理，再与纤维等一起烘干作为饲料。

从卧螺机底部得到的粗淀粉乳是含有少量的纤维及蛋白的混合物，通过串联的三级离心筛可将纤维筛出。然后将其送到干燥系统干燥即得到麸皮。

A淀粉乳经分级、精制后，通过离心脱水与气流干燥，得到纯净A级淀粉。B淀粉乳浓度较低，经卧螺机浓缩收集淀粉。卧螺机分离的小面筋，经除淀粉、挤压脱水及环式干燥后，得到谷朊粉。